שיטפונות הרסניים בשטחים נהר צהוב שטף יבולים, הטביע כפריים ושינה את מסלול הנהר כך שהוא כבר לא ייפגש עם התעלה הגדולה. הניצולים הרעבים מהקטסטרופות הללו החלו לחשוב ששליטיהם האתניים-מונגולים, ה- שושלת יואן, איבד את מנדט גן עדן. כאשר אותם שליטים אילצו 150,000 עד 200,000 מתושבי האן הסינים שלהם לצאת לעמודת עבודה מאסיבית לחפור את התעלה שוב ולהצטרף אליה לנהר, הפועלים מרדו. התקוממות זו, שנקראה מרד הטורבן האדום, סימנה את תחילת הסוף לשלטון מונגולי על סין.
המנהיג הראשון של הטורבנים האדומים, האן שנטונג, גייס את חסידיו מעובדי הכפייה שחפרו את מיטת התעלה בשנת 1351. סבו של האן היה מנהיג כת של כת הלוטוס הלבן, שסיפק את התשתית הדתית למרד הטורבן האדום. שלטונות שושלת יואן כבשו עד מהרה והוציאו להורג את האן שנטונג, אך בנו תפס את מקומו בראש המרד. שניהם האנס הצליחו לשחק על רעביהם של חסידיו, על מורת רוחם מאילוץ העבודה בלי לשלם עבור הממשלה, וסלידתם העמוקה מלהיות נשלטת על ידי "ברברים" מ מונגוליה. בצפון סין הדבר הביא לפיצוץ של פעילות אנטי-ממשלתית בטורבן האדום.
בתוך כך, בדרום סין החלה התקוממות טורבן אדומה שנייה בהנהגתו של שו שוחוי. היו לו תלונות ומטרות דומות לאלה של צפון הטורבנים האדומים, אך השניים לא תואמו בשום דרך.
למרות שחיילי האיכרים במקור הזדהו עם הצבע לבן (מאגודת הלוטוס הלבן), הם עברו במהרה לצבע המאושר בהרבה. כדי לזהות את עצמם, הם ענדו סרטי ראש אדומים או הונג ג'ין, שהעניקה למרד את שמו הנפוץ בשם "מרד הטורבן האדום". חמושים בכלי נשק מאולתרים וייצור משק, הם לא היו צריכים להוות איום ממשי על צבאות המונגולים של הממשלה, אך שושלת יואן הייתה סערה.
בתחילה הצליח מפקד מסוגל בשם המועצה הראשית טוגטו להרכיב כוח אפקטיבי של 100,000 חיילים אימפריאלים להניח את צפון הטורבנים האדומים. הוא הצליח בשנת 1352 והעביר את צבאו של האן. בשנת 1354 המשיכו הטורבנים האדומים למתקפה פעם נוספת וחתכו את התעלה הגדולה. טוגטו הרכיב כוח שמסורתו כמיליון מיליון, למרות שזו ללא ספק הגזמה גסה. בדיוק כשהוא החל לנוע נגד הטורבנים האדומים, תסכים לבית המשפט הביאו לכך שהקיסר פוטר את טוג'טו. הקצינים הזועפים שלו ורבים מהחיילים ערקו במחאה על הרחקתו, ובית המשפט ביואן מעולם לא הצליח למצוא גנרל יעיל אחר שיוביל את המאמצים נגד טורבן אדום.
בסוף שנות ה -5050 ותחילת שנות השישים של המאה העשרים, מנהיגים מקומיים של הטורבנים האדומים נלחמו בינם לבין עצמם על שליטת חיילים ושטח. הם הוציאו כל כך הרבה אנרגיה זה על זה שממשלת יואן הושארה בשלום יחסי למשך זמן. נראה היה כי המרד עלול לקרוס תחת כובד השאיפה של מצביאים שונים.
עם זאת, בנו של האן שנטונג נפטר בשנת 1366; חלק מההיסטוריונים מאמינים כי גנרלו, ג'ו יואנצ'אנג, טבע אותו. למרות שזה לקח שנתיים נוספות, ג'ו הוביל את צבא האיכרים שלו לכבוש את בירת מונגול בדאדו (בייג'ינג) בשנת 1368. שושלת יואן נפלה, וג'ו הקים האן חדש, אתני סינית שושלת המכונה מינג.