מבין הבחירות הרבות, חמשת הכתמים הללו הם הנפוצים ביותר, החל מאתידיום ברומיד, שהוא השימוש הנפוץ ביותר. כאשר עובדים בתהליך זה, חשוב לא רק לדעת את ההבדלים בין הכתמים אלא את הסיכונים הבריאותיים הגלומים בהם.
אתידיום ברומיד הוא ככל הנראה הצבע הידוע ביותר המשמש להמחשת DNA. ניתן להשתמש בו בתערובת הג'ל, במאגר האלקטרופורזה, או כדי להכתים את הג'ל לאחר הפעלתו.
מולקולות של צבע דבוקות לחוטי DNA וזורמות תחת אור UV ומראות לך בדיוק איפה הלהקות נמצאות בג'ל. למרות היתרון שלו, החיסרון הוא שאתידיום ברומיד הוא מסרטן פוטנציאלי, ולכן יש לטפל בזה בזהירות רבה.
ניתן להשתמש בצבע זהב של SYBR כדי להכתים DNA כפול או חד-גדילי או להכתמת RNA. SYBR זהב פגעה בשוק כאחת החלופות הראשונות לאתידיום ברומיד ונחשבת לרגישה יותר.
מכיוון שהפלואורסצנציה של המולקולה הבלתי מוגבלת היא כה נמוכה, אין צורך בהעצמות. בדיקות מולקולריות בעלות רישיון גם פיתחו ושיווקו את SYBR Safe ו- SYBR Green שהן חלופות בטוחות יותר לאתידיום ברומיד (מאז השקת SYBR Gold).
כתמי SYBR הירוקים I ו- II (שוב, משווקים על ידי בדיקות מולקולריות) מותאמים למטרות שונות. מכיוון שהם נקשרים ל- DNA, הם עדיין נחשבים למוטגנים פוטנציאליים ובשל כך יש לטפל בהם בזהירות.
SYBR ירוק אני יותר רגיש לשימוש עם DNA עם גדיל כפול, ואילו SYBR Green II לעומת זאת הטוב ביותר לשימוש עם DNA או RNA חד-גדילי. בדומה לכתם האתידיום ברומיד הפופולרי, כתמים רגישים מאוד אלה מפריחים תחת אור UV.
שניהם SYBR ירוק I ו- II מומלצים על ידי היצרן לשימוש עם "תאורה אפיי-תאורה 254 ננומטר פולארויד 667 שחור ו סרט לבן וסינון צילומי כתם ג'ל ירוק מסוג SYBR "להשגת זיהוי של 100 pg של RNA או DNA חד חוטים לכל להקה.
SYBR Safe תוכנן להיות חלופה בטוחה יותר לאתידיום ברומיד וכתמי SYBR אחרים. זה לא נחשב לפסולת מסוכנת ובאופן כללי ניתן לזרוק אותו דרך מערכות הביוב הרגילות (כלומר במורד הניקוז), מכיוון שבדיקת רעילות מצביעה על כך שאין רעילות חריפה.
גם בדיקות מציין בתאי העובר הסורי של האסטר הסורי (SHE), לימפוציטים אנושיים, תאי לימפומה של עכברים, יש מעט או לא מעטים, או צוינו בבדיקת AMES. ניתן להשתמש בכתם בעזרת מסנני אור בהיר כחול הגורם פחות נזק ל- DNA שממחיש ומציע יעילות טובה יותר לשיבוט מאוחר יותר.
זו גם בחירה טובה אם אתה משתמש בג'לים בעלי נקודת התכה נמוכה לצורך התאוששות ה- DNA. הוא יציב מאוד בטמפרטורות גבוהות ויש לו פלואורסצנט נמוך מאוד בפני עצמו, אך הוא ניאון מאוד כאשר הוא נקשר ל- DNA. הוכח כי אווה גרין סובלת מבעיות נמוכות מאוד או חסרות ציטוטוקס או מוטציה.