למרות ש חקלאות מפעל כרוך בהרבה פרקטיקות אכזריות, לא רק אלה נוהגים להתנגד. עצם השימוש בבעלי חיים ובמוצרים מן החי למזון הוא אנטיתטי לזכויות בעלי החיים.
חקלאות מפעל היא הנוהג המודרני של גידול בעלי חיים למאכל בבליעה קיצונית, על מנת למקסם את הרווחים. בנוסף לכליאה אינטנסיבית, שימוש לרעה הקשור בחקלאות המפעל כולל מינונים מאסיביים של הורמונים ואנטיביוטיקה, כלובי סוללות, שיחות חיבור, עגינת זנב, ארגזי הריון וארגזי עגל. בעלי החיים מבלים את כל חייהם בתנאים אומללים אלה עד שהם נטבחים. לא ניתן להעלות על הדעת את סבלם.
חקלאי המפעל לא מנסים להיות אכזריים. הם מנסים למקסם את הרווחים, בלי להתייחס לסבלם של בעלי החיים.
בחוות המפעל לא אכפת מחיות בודדות. בעלי חיים מסוימים ימותו כתוצאה מהחלפת שיניים, עגינת זנב, מחלות וכליאה אינטנסיבית, אך הפעולה עדיין רווחית בסך הכל.
הורמונים גורמים לבעלי החיים לצמוח מהר יותר, לייצר יותר חלב ולייצר יותר ביצים, מה שמביא לרווחים גבוהים יותר. מספר גדול של בעלי חיים החיים בבילוי אינטנסיבי אומר שמחלה עלולה להתפשט כמו אש בשדה קוצים. בעלי חיים נלחמים וסובלים גם מחתכים ושחיקות מהכלובים שלהם, כך שכל החיות מטופלות באנטיביוטיקה כדי למזער את ההפסדים מהזיהומים והתפשטות מחלות. כמו כן, מינונים קטנים ויומיומיים של אנטיביוטיקה מסוימת גורמים לעלייה במשקל. המשמעות היא שהבעלי חיים מתרופות יתר, מה שגורם לחיידקים להיות עמידים לאנטיביוטיקה. גם האנטיביוטיקה וגם החיידקים העמידים מגיעים לצרכן בבשר.
כאשר הם מרותקים באינטנסיביות, גם בעלי חיים אנושיים וגם בעלי חיים לא אנושיים נלחמים יותר מהרגיל. הפיכת עוף כרוכה בחיתוך של מקור הציפור, ללא הרדמה. מקורי התרנגולות מוכנסים בזה אחר זה למכונה שנראית כמו גיליוטינה הקוצצת את החלק הקדמי של המקור שלהם. ההליך כה כואב, חלק מהתרנגולות מפסיקות לאכול ומתות מרעב. זנבותיהם עגולים, או חתוכים קצרים, בכדי למנוע מהחזירים לנשוך זה את זנבותיהם. הזנב הוא הרחבה של עמוד השדרה של החיה, אך עגינת הזנב נעשית ללא הרדמה. שני התרגולים כואבים מאוד ואכזריים.
תרנגולות מטילות ביצים צפופות בכלובי סוללות כדי למקסם את הרווחים, והן חיות כל חייהן אף פעם לא מצליחות לפרוש כנפיים. כלובי הסוללות נמדדים בדרך כלל 18 על 20 אינץ ', כאשר חמש עד אחד עשרה ציפורים הצטופפו בכלוב יחיד. לציפור יחידה מוטת כנפיים של 32 אינץ '. כלובים נערמים בשורות זה על גבי זה, כך שניתן לשכן מאות אלפי ציפורים בבניין יחיד. רצפות התיל משופעות כך שהביצים מתגלגלות מהכלובים. מכיוון שלעתים האכלה והשקה אוטומטיות, פיקוח על בני אדם ומגע הם מינימליים. ציפורים נושרות מכלובים, נתקעות בין כלובים או נתקעות בראש או גפיים בין סורגי כלוביהן ומתות מכיוון שהן אינן יכולות לגשת למזון ומים.
זרע גידול מבלה את כל חייה בארגז עשוי סורגים מפלדה, שם היא לא יכולה להסתובב או למתוח את גפיה כששוכבת. רצפת הארגז מחוררת, אך היא עדיין בסופו של דבר עומדת ויושבת בה וזוהמה. יש לה מלטה אחרי המלטה של חזירי תינוקות עד שהיא נחשבת לבילוי, ואז נשלחת לטבח. זורעות מרותקות מציגות התנהגויות נוירוטיות כמו לעיסה על סורגי הארגז והתנדנדות קדימה ואחורה.
עגלים חלביים זכרים קשורים בשרשראות ומוכלגים עגל ארגזים שאינם מאפשרים להם לנוע או להסתובב. הם נלקחים מהאימהות שלהם בלידתם מכיוון שאינם מועילים לייצור חלב. במקום חלב האימהות שלהם, הם מוזנים בפורמולה סינתטית שנועדה לשמור על בשרם חיוור ואנמי, כפי שרוצים צרכנים רבים.