המשחקים האולימפיים ב -1972 ייזכרו ככל הנראה לטובת המשחק רצח של אחד עשרה אולימפיאנים ישראלים. ב- 5 בספטמבר, יום לפני כניסת המשחקים, נכנסו שמונה מחבלים פלסטינים לכפר האולימפי ותפסו אחד עשרה מחברי הצוות האולימפי הישראלי. שניים מבני הערובה הצליחו לפצוע שניים מלוכדיהם לפני שנהרגו. המחבלים ביקשו לשחרר 234 פלסטינים שהוחזקו בישראל. במהלך ניסיון הצלה כושל נהרגו כל בני הערובה הנותרים וחמישה מהמחבלים, ושלושה מחבלים נפצעו.
ה- IOC החליט שהמשחקים צריכים להימשך. למחרת התקיימה אזכרה לקורבנות והדגלים האולימפיים הונפו לעבר חצי צוות. פתיחת האולימפיאדה נדחתה יום אחד. ההחלטה של ה- IOC להמשיך במשחקים לאחר אירוע מחריד כזה הייתה שנויה במחלוקת.
מחלוקות נוספות היו אמורות להשפיע על המשחקים האלה. במהלך משחקים אולימפיים סכסוך התעורר במהלך משחק הכדורסל בין ברית המועצות לארצות הברית. כשנותרה שנייה אחת על השעון, והתוצאה לטובת האמריקאים 50-49, נשמעה הקרן. המאמן הסובייטי הזמין פסק זמן. השעון אופס לשלוש שניות והושמע. הסובייטים עדיין לא קלעו ומסיבה כלשהי, השעון שוב הוחזר לשלוש שניות. הפעם, השחקן הסובייטי אלכסנדר בלוב עשה סל והמשחק הסתיים ב-50-51 לטובת הסובייט. אף כי השומר ואחד השופטים הצהירו כי שלוש השניות הנוספות היו בלתי חוקיות לחלוטין, הותר לסובייטים לשמור על הזהב.
בהישג מדהים שלט מארק שפיץ (ארצות הברית) באירועי השחייה וזכה בשבע מדליות זהב.
יותר מ- 7,000 ספורטאים השתתפו, המייצגים 122 מדינות.