האלכימיה בימי הביניים הייתה תערובת של מדע, פילוסופיה ו מיסטיקה. רחוק מלפעול במסגרת ההגדרה המודרנית של תחום מדעי, אלכימאים מימי הביניים ניגשו למלאכה שלהם בגישה הוליסטית; הם האמינו כי טוהר הנפש, הגוף והרוח נחוצים כדי להמשיך במסע האלכימי.
בלב האלכימיה של ימי הביניים עמד הרעיון שכל החומר מורכב מארבעה יסודות: אדמה, אוויר, אש ומים. עם השילוב הנכון של אלמנטים, זה היה תיאורטי, כל חומר על כדור הארץ עשוי להיווצר. זה כלל מתכות יקרות כמו אליקסירים לריפוי מחלות והארכת חיים. האלכימאים האמינו ש"העברה "של חומר אחד לחומר אחר הייתה אפשרית; כך יש לנו קלישאה של אלכימאים מימי הביניים המבקשים "להפוך עופרת לזהב".
אלכימיה מימי הביניים הייתה אמנות באותה מידה כמו מדע, והמתרגלים שמרו על סודותיהם באמצעות מערכת סמלים ושמים מסתוריים עבור החומרים שהם למדו.
אלכימיה מקורו בתקופות קדומות, התפתח באופן עצמאי בסין, בהודו וביוון. בכל התחומים הללו התרגול התדרדר בסופו של דבר לאמונות טפלות, אך הוא נודד למצרים ושרד כמשמעת לימודית. באירופה של ימי הביניים זה קם לתחייה כאשר חוקרים מהמאה ה -12 תרגמו יצירות ערבית לטינית. גם כתביו שהתגלו מחדש של אריסטו מילאו תפקיד. בסוף המאה ה- 13 נדונו ברצינות על ידי פילוסופים, מדענים ותיאולוגים מובילים.