התנאים שלכדו את חיילי האיחוד עמדו בקונפדרציה כלא אנדרסוןוויל היו מחרידות. במהלך 18 החודשים שבהם פעל הכלא, מתו כמעט 13,000 חיילי האיחוד תת תזונה, מחלה וחשיפה לגורמים עקב טיפול לא אנושי על ידי המפקד של אנדרסון הנרי ווירץ. כך שבאמת לא צריך להיות מפתיע כי התביעה שלו בגין פשעי מלחמה לאחר הכניעה של הדרום היא המשפט הידוע ביותר שנבע מה מלחמת אזרחים. אך לא ידוע כי היו כמעט אלף תביעות צבאיות אחרות של הקונפדרציות. רבים מהם נבעו מהתעללותם של חיילי האיחוד שנלכדו.
הנרי ווירץ
הנרי ווירץ קיבל פיקוד על כלא אנדרסוןוויל ב- 27 במרץ 1864, כחודש לאחר שהאסירים הראשונים הגיעו לשם. אחת הפעולות הראשונות של וירז הייתה יצירת שטח שנקרא גדר קו המתים, שנועד להגביר את האבטחה על ידי הרחקת אסירים מחומת האגדה. כל אסיר שחצה את "קו המתים" היה נתון לירי על ידי הסוהרים. בתקופת שלטונו של ווירץ כמפקד, הוא השתמש באיומים בכדי לשמור על אסירים בתור. כאשר נראה כי איומים לא עבדו, וירז הורה לזקיפים לירות באסירים. בתוך מאי 1865, ווירץ נעצר באנדרסוןוויל והועבר ל וושינגטון. להמתין למשפט. Wirz הועמד לדין בגין קשר קשר לפצוע ו / או להרוג חיילים שנלכדו על ידי כך שלא שלל מהם באופן לא ראוי גישה למזון, ציוד רפואי ובגדים. הוא הואשם גם ברצח בגין הוצאתם להורג באופן אישי של מספר אסירים.
כ -150 עדים העידו נגד וירז במשפטו הצבאי, שנמשך בין 23 באוגוסט ל -18 באוקטובר 1865. לאחר שנמצא אשם בכל ההאשמות נגדו, נידון ווירץ למוות ונתלה ב -10 בנובמבר 1865.
ג'יימס דאנקן
ג'יימס דאנקן היה קצין נוסף מכלא אנדרסוןוויל שנעצר גם הוא. דאנקן, שהוטל במשרדו של מנהל הרובע, הורשע בהריגה בהחזקה מכוונת של אוכל מהאסירים. הוא נידון ל -15 שנות עבודה קשה אך נמלט לאחר שריצה שנה אחת בלבד מעונשו.
צ'אמפ פרגוסון
עם תחילת מלחמת האזרחים, היה צ'אמף פרגוסון חקלאי במזרח טנסי. אוכלוסיית אזור זו הייתה חילוקה במידה שווה בין תמיכה באיחוד לקונפדרציה. פרגוסון אירגן חברת גרילה שתקפה והרגה את אוהדי האיחוד. פרגוסון גם פעל כסקאוט עבור קולונל פרשים קנטאקי של ג'ון האנט מורגן, ומורגן קידם את פרגוסון לדרגת קפטן הפרטיזנים ריינג'רס. קונגרס הקונפדרציה העביר אמצעי שנקרא חוק הפרטיזנים ריינג'ר שאיפשר גיוס חריגות לשירות. יש לציין כי מחוסר משמעת בקרב הפרטיזנים ריינג'רס, הגנרל רוברט א. לי קרא לביטול החוק על ידי הקונגרס הקונפדרציה בפברואר 1864. לאחר משפט בפני בית דין צבאי, הורשע פרגוסון בהריגתם של יותר מ- 50 חיילי האיחוד השבויים. הוא הוצא להורג בתלייה באוקטובר 1865.
רוברט קנדי
רוברט קנדי היה קצין קונפדרציה שנלכד על ידי כוחות האיחוד ונכלא בכלא הצבאי באי ג'ונסון. הכלא היה ממוקם במפרץ סנדוסקי, שנמצא על חוף אגם אריה רק כמה מיילים מסנדוסקי, אוהיו. קנדי נמלט מאי ג'ונסון באוקטובר 1864, ועשה את דרכו לקנדה - ששמרה על נייטרליות כלפי שני הצדדים. קנדי נפגש עם כמה קצינים מקונפדרציה שהשתמשו בקנדה כמשטח שיגור לביצוע פעולות מלחמה נגד האיחוד. הוא השתתף בעלילה לפתיחת שריפות על בתי מלון רבים, כמו גם במוזיאון ותיאטרון בעיר ניו יורק, מתוך כוונה להציף את הרשויות המקומיות. כל השריפות הוצאו במהירות או לא הצליחו לגרום נזק. קנדי היה היחיד שנשבה. לאחר משפט בפני בית דין צבאי, קנדי הוצא להורג בתלייה במארס 1865.