תרכובת הסידן והפוספט המרכיבה אמייל שיניים היא צורה שונה של הידרוקסיאפטיט, הרגיש להתקפה על ידי חומצות. חיידקים המשגשגים בסוכרים הנמצאים בפה מתרבים על משטחי שיניים ומייצרים חומצות.
צחצוח שיניים מכני מפרק את החיידקים הללו ושוטף אותם, אך אינו עושה דבר בכדי לטפל בנזק המתמשך באמייל כתוצאה מחשיפת חומצות. למרבה המזל, הרוק מנטרל חומצות אלה והשיניים משתמשות בתרכובות שנמצאות ברוק כדי להזכיר מחדש את האמייל. כך, כל עוד קצב ההפחתה ושיעור הזיכרון נותרו באיזון, השיניים נשארות חזקות ובריאות.
כאשר יותר מינרלים מאבדים מהשיניים מההחלפה, נוצרים עששת או חללים. פלואוריד עוזר על ידי אינטראקציה עם הידרוקסיאפטיט ליצירת תרכובת חזקה פחות חשופה להתקף חומצה. כמו כן, פלואוריד מזכיר את האמייל הפגום (אם כי הוא אינו מסוגל לתקן חלל לאחר שנוצר אחד). ישנן עדויות לכך שפלואוריד עשוי לעכב את צמיחת החיידקים בשיניים או להגביל את יכולתם לייצר חומצה.
למרות שיורקת משחת שיניים וכנראה שטפת את הפה, נותר מספיק פלואוריד על השיניים וברוק שלך בכדי להעניק הגנה למשך זמן מה לאחר צחצוח השיניים או שימוש בהפלרה לשטוף.