חולות מדבר סהרה יכלו להוות מכשול מרכזי לסחר בין אפריקה, אירופה והמזרח, אבל זה היה יותר כמו ים חולי עם נמלי סחר משני הצדדים. בדרום היו ערים כמו טימבוקטו וגאו; בצפון, ערים כמו Ghadames (בלוב של ימינו). משם נסעו טובין לאירופה, ערב, הודו וסין.
סוחרים מוסלמים מצפון אפריקה העבירו סחורות ברחבי סהרה באמצעות שיירות גמלים גדולות - בממוצע בערך 1,000 גמלים, למרות שיש תיעוד שמזכיר קרוואנים שנסעו בין מצרים לסודן שהיו 12,000 גמלים. הברברס מצפון אפריקה ביות לראשונה גמלים סביב שנת 300 לספירה.
הגמל היה המרכיב החשוב ביותר בקרוון מכיוון שהם יכולים לשרוד תקופות ארוכות ללא מים. הם גם יכולים לסבול את החום העז של המדבר במהלך היום והקור בלילה. לגמלים יש שורה כפולה של ריסים המגנה על עיניהם מפני החול והשמש. הם גם מסוגלים לסגור את נחיריהם כדי להרחיק את החול. בלי חיה שמותאמת מאוד למסע, הסחר ברחבי סהרה היה כמעט בלתי אפשרי.
הם הכניסו בעיקר מוצרי יוקרה כמו טקסטיל, משי, חרוזים, קרמיקה, כלי נוי וכלי אוכל. אלה נסחרו בזהב, שנהב, יער כמו אבוני ומוצרים חקלאיים כמו קולה אגוזים (ממריץ מכיוון שהם מכילים קפאין). הם גם הביאו את דתם, האיסלאם, שהתפשטה בדרכי הסחר.
נוודים החיים בסהרה סחרו במלח, בבשר ובידע שלהם כמדריכים לבד, זהב, דגני בוקר ועבדים.
עד גילוי אמריקה, מלי היה המפיק העיקרי של הזהב. שנהב אפריקאי היה מבוקש גם מכיוון שהוא רך יותר מזה מהפילים ההודים ולכן קל יותר לגלף אותו. עבדים היו מבוקשים על ידי בתי משפט של נסיכים ערבים וברבריים כמשרתים, פילגשים, חיילים ופועלים חקלאיים.
סוני עלי, שליט האימפריה סונגהאי, שהיה ממוקם ממזרח לאורך עיקול נהר הניז'ר, כבש את מאלי בשנת 1462. הוא התחיל לפתח את בירתו שלו: גאו והמרכזים העיקריים של מאלי, טימבוקטו וג'ן הפכו לערים מרכזיות ששלטו על סחר רב באזור. ערי נמל ימי התפתחו לאורך חופי צפון אפריקה כולל מרקש, תוניס וקהיר. מרכז סחר משמעותי נוסף היה העיר אדוליס שעל הים האדום.