חומצות אמינו הן סוג של חומצה אורגנית המכילה גם קבוצת קרבוקסיל (COOH) וגם קבוצת אמינו (NH)2). הנוסחה הכללית לחומצה אמינית ניתנת להלן. למרות שנכתב בדרך כלל על המבנה טעון ניטרלי, הוא אינו מדויק מכיוון ש- COOH חומצי וה- NH הבסיסי2 קבוצות מגיבות זו עם זו ליצירת מלח פנימי הנקרא זוויטריון. לצוויטריון אין חיוב נטו; יש שלילי אחד (COO-) ואחד חיובי (NH3+) לחייב.
יש 20 חומצות אמינו שמקורן חלבונים. אמנם ישנן מספר שיטות לקטלוגן, אולם אחת הנפוצות ביותר היא לקבץ אותן לפי אופי שרשראות הצד שלהם.
יש שמונה חומצות אמינו עם שרשראות צד לא-קוטביות. לגליצין, אלנין ופרולין שרשראות צד קטנות ולא קוטביות וכולן הידרופוביות חלשות. פנילאלנין, וואלין, לאוצין, איזולוצין ומתיונין בעלי שרשראות צד גדולות יותר והם הידרופוביים חזקים יותר.
ישנן גם שמונה חומצות אמינו עם שרשראות צד קוטביות ונטענות. לסרין ותראונין קבוצות הידרוקסיל. אספרגין וגלוטמין יש קבוצות אמיד. להיסטידין וטריפטופן יש שרשראות צד אריות ארומטיות הטרוציקליות. לציסטאין קבוצת sulfhydryl. לטירוזין שרשרת צדדית פנולית. קבוצת sulfhydryl של ציסטאין, קבוצת הידרוקסיל פנולית של טירוזין וקבוצת imidazole של היסטידין מראים כולם במידה מסוימת של יינון תלוי pH.
ישנן ארבע חומצות אמיניות עם שרשראות צדדיות טעונות. חומצות אספרטיים וחומצה גלוטמית יש קבוצות קרבוקסיל בשרשרות הצדדיות שלהן. כל חומצה מיוננת במלואה ב- pH 7.4. לארגנין וליזין יש שרשרות צדדיות עם קבוצות אמינו. השרשראות הצדדיות שלהם מוגדרות באופן מלא ב- pH 7.4.