באזורים מסוימים, כמו דרום הודו, הממלכות ההינדיות החזיקו מעמד ואף דחקו נגד הגאות המוסלמית. תת-היבשת התמודדה גם עם פלישות של כובשים מפורסמים במרכז אסיה ג'ינג'ס חאן, שלא היה מוסלמי, ו טימור או טמרלן, שהיה.
תקופה זו הייתה מבשר לתקופת המוגול (1526–1857). ה אימפריה מוגולית הוקמה על ידי באבור, נסיך מוסלמי במקור מאוזבקיסטן. במיוחד תחת מוגולס מאוחרים אכבר הגדולהקיסרים המוסלמים ונתידיהם ההינדים הגיעו להבנה חסרת תקדים ויצרו מדינה רב-תרבותית, רב-שנתית ומגוונת-דתית יפהפייה ופורחת.
בשנת 1206, לשעבר ממלוכית עבד בשם קוטבובדין אייבק כבש את צפון הודו והקים ממלכה. הוא שם את עצמו לסולטאן מדלהי. אייבאק היה נואם טורקי מרכז אסייתי, וכך גם מייסדי שלוש מארבע הסולטנות של דלהי הבאה. בסך הכל חמש שושלות של סולטנים מוסלמים שלטו בחלק גדול מצפון הודו עד 1526, אז באבור נסחף מאפגניסטן כדי למצוא את שושלת מוגול.
בשנת 1221 נמלט הסולטאן ג'לאל א-דין מינגבורנו מבירתו בסמרקנד, אוזבקיסטן. האימפריה הח'ארדזמיד שלו נפלה לצבאות המתקדמים של ג'ינגיס חאן, ואביו נהרג, ולכן הסולטאן החדש נמלט דרומה ומזרח להודו. בנהר האינדוס במה שנמצא כיום פקיסטן, המונגולים תפסו את מינגבורנו ואת 50,000 חייליו שנותרו. הצבא המונגולי היה רק 30,000 חזק, אך הוא הצמיד את הפרסים לגדת הנהר והפחית אותם. יכול להיות שקל לרחם על הסולטאן, אבל ההחלטה של אביו לרצוח שליחים מונגולים הייתה הניצוץ המיידי ש
יצא לדרך עם הכיבושים המונגולים של מרכז אסיה והלאה מלכתחילה.לשושלת צ'ולה בדרום הודו הייתה אחת הריצות הארוכות ביותר של שושלת כלשהי בהיסטוריה האנושית. הוא נוסד זמן מה בשנות ה 300 לפנה"ס, ונמשך עד שנת 1250 לספירה. אין תיעוד של קרב מכריע אחד; במקום זאת, האימפריה הפנדינית השכנה פשוט גדלה בעוצמה ובהשפעה עד כדי כך שהיא האפילה וכיבתה בהדרגה את משטרת החולה הקדומה. ממלכות הינדו היו מספיק דרומיות כדי להימלט מהשפעת הכובשים המוסלמים שירדו ממרכז אסיה.
בשנת 1290 נפלה שושלת הממלוכית בדלהי, ושושלת ח'ילג'י קמה במקומה והפכה לשנייה מבין חמש המשפחות ששלטו בסולטנות הדלהי. שושלת ח'ילג'י תישאר בשלטון רק עד שנת 1320.
במהלך שלטונם הקצר, בן 30 שנה, שושלת ח'ילג'י פגעה בהצלחה במספר פלישות מהאימפריה המונגולית. הקרב האחרון והמכריע שהסתיים בנסיונות המונגולים לקחת את הודו היה קרב ג'לנהאר ב 1298, שם שחט צבא ח'ילג'י כ -20,000 מונגולים והוציא את הניצולים מהודו למקום טוב.
בשנת 1320, משפחה חדשה של דם מעורב והודי מעורב השתלטה על סולטנט הדלהי, החל בתקופת שושלת טולאק. שושלת טולאק, שהוקמה על ידי Ghazi Malik, התרחבה דרומה על פני מישור דקן וכבשה את מרבית דרום הודו לראשונה. עם זאת, הרווחים הטריטוריאליים הללו לא נמשכו זמן רב. עד 1335, סולטן דלהי התכווצה לאזור הרגיל בצפון הודו.
מעניין לציין כי המטייל המרוקאי המפורסם אבן בטוטה שימש כ קאדי או שופט איסלאמי בבית המשפט של גאזי מאליק, שלקח את שם הכסא של Ghasasin Tughlaq. הוא לא התרשם לטובה מהשליט החדש של הודו, כשהוא שולל את העינויים השונים ששימשו נגד אנשים שלא הצליחו לשלם מיסים, כולל שקרעו את העיניים שלהם או עופרת מותכת שפכו את עיניהם גרונות. אבן בטוטה נחרד במיוחד מכך שהזוועות הללו בוצעו נגד מוסלמים כמו גם כופרים.
בשעה שהעוצמה של תולק דעכה במהירות בדרום הודו, אימפריה הינדית חדשה מיהרה למלא את ואקום הכוח. האימפריה בויג'אנאגארה הייתה שולטת במשך יותר משלוש מאות שנה מקרנטקה. זה הביא אחדות חסרת תקדים לדרום הודו, שהתבססה בעיקר על סולידריות הינדית לנוכח האיום המוסלמי הנתפס בצפון.
אף כי הוויג'יאנאגארה הצליחו לאחד חלק ניכר מדרום הודו, אך הם איבדו במהרה את מישור דקאן הפורה המשתרע על מותניו של תת היבשת לסולטנט מוסלמי חדש. הסולטנות הבהמנית הוקמה על ידי מורד טורקי נגד התולקים המכונים עלא-א-דין-חסן בהמן שאה. הוא שיחרר את הדקאן מהוויג'יאנאגארה, והסולטנאט שלו נשאר חזק יותר ממאה שנה. עם זאת, בשנות ה -80 של המאה ה -14, סולטנט הבהמני נכנס לירידה תלולה. עד 1512, חמש סולטנות קטנות יותר התנתקו. 15 שנה אחר כך נעלמה המדינה הבהמנית המרכזית. באינספור קרבות והתמרמרות, מדינות היורשות הקטנות הצליחו להכשיל תבוסה מוחלטת על ידי האימפריה וויג'יאנגאר. עם זאת, בשנת 1686, הקיסר חסר הרחמים אורנגזב של המוגולים כבשו את השרידים האחרונים של הסולטנט הבהמני.
סולטנטת מדוראי, הידועה גם בשם סולטנטת המעבר, הייתה אזור שנמצא בשליטת טורקיה ששוחרר מסולטנת הדלהי. ממוקמת דרום דרומית בתמיל נאדו, סולטנת המדוראי נמשכה 48 שנים בלבד לפני שנכבשה על ידי ממלכת ויג'יאנאגארה.
המאה הארבע עשרה של לוח השנה המערבי הסתיימה בדם וכאוס לשושלת טולאק של סולטנט הדלהי. כובש צמא הדם טימור, המכונה גם תמרלן, פלש לצפון הודו והחל לכבוש אחד אחר אחד את ערי התולקקים. אזרחים בערים המוכתות נטבחו וראשיהם הכרותים נערמו לפירמידות. בדצמבר 1398 לקח טימור את דלהי, ביזה את העיר ושחט את תושביה. הטוגלאקים המשיכו לשלטון עד 1414, אך עיר הבירה שלהם לא התאוששה מהטרור של טימור במשך יותר ממאה שנה.