אחד האתגרים הדוחקים ביותר שעומדות בפני מדינות אפריקה בעצמאות היה חוסר התשתית שלהן. אימפריאליסטים אירופיים התגאו בהבאת התרבות ופיתוח אפריקה, אך הם השאירו מעט את מושבותיהם לשעבר בדרך של תשתית. האימפריות בנו דרכים ומסילות ברזל - או ליתר דיוק, הם אילצו את נתיניהן הקולוניאליים לבנות אותם - אך אלה לא נועדו לבנות תשתיות לאומיות. דרכים ומסילות רכבת אימפריאליות נועדו כמעט תמיד להקל על ייצוא חומרי גלם. רבים, כמו רכבת אוגנדה, רצו היישר אל קו החוף.
מדינות חדשות אלה חסרות גם את תשתיות הייצור כדי להוסיף ערך לחומרי הגלם שלהן. עשירים מכיוון שמדינות אפריקה רבות היו בגידולי מזומנים ומינרלים, הם לא יכלו לעבד את הסחורה הזו בעצמם. הכלכלות שלהם היו תלויות בסחר, וזה הפך אותם לפגיעים. הם היו כלואים גם למחזורי תלות באדוניהם האירופיים לשעבר. הם קיבלו תלות פוליטית ולא כלכלית, וכקוואם נקרומה - ראש הממשלה הראשון שר ונשיא גאנה - ידע, עצמאות פוליטית ללא עצמאות כלכלית הייתה חסר משמעות.
תלות אנרגטית
היעדר תשתיות פירושו גם שמדינות אפריקה היו תלויות בכלכלות המערב בחלק ניכר מהאנרגיה שלהן. אפילו במדינות עשירות בנפט לא היו בתי הזיקוק הדרושים כדי להפוך את הנפט הגולמי שלהן לבנזין או לחימום נפט. כמה מנהיגים, כמו קוואמה נקרומה, ניסו לתקן זאת באמצעות פרויקטים של בנייה מאסיבית, כמו פרויקט הסכר ההידרואלקטרי של נהר וולטה. הסכר אכן סיפק חשמל נחוץ, אך בנייתו הכניסה את גאנה לחובות כבדים. הבנייה גם הצריכה מעבר של עשרות אלפי גנאים ותרמה לתמיכה הצומחת של נקרומה בגאנה. בשנת 1966 הייתה נקרומה
הופל.מנהיגות לא מנוסה
בעצמאות היו כמה נשיאים, כמו ג'ומו קניאטה, היה ניסיון של כמה עשורים של ניסיון פוליטי, אך אחרים, כמו הטנזניה יוליוס נייייר, נכנס לקלחת הפוליטית שנים ספורות לפני העצמאות. היה גם חוסר בולט במנהיגות אזרחית מיומנת ומנוסה. הדרגים הנמוכים בממשל הקולוניאלי מאוישים זה מכבר על ידי נתיני אפריקה, אך הדרגות הגבוהות יותר היו שמורות לבכירים לבנים. המעבר לקצינים לאומיים בעצמאות פירושו שהיו אנשים בכל דרגות הביורוקרטיה עם מעט הכשרה מוקדמת. בחלק מהמקרים זה הוביל לחדשנות, אולם האתגרים הרבים שעימו מדינות אפריקה התמודדו בעצמאות הוסיפו לרוב מחוסר מנהיגות מנוסה.
חוסר זהות לאומית
הגבולות שמדינות אפריקה החדשות נותרו איתן היו אלה שנמצאו באירופה במהלך המזרח התיכון לטרוף לאפריקה בלי להתייחס לנוף האתני או החברתי בשטח. לנבדקים של מושבות אלה היו לעתים קרובות זהויות רבות ששררו את תחושת היותם, למשל גאנים או קונגולזים. המדיניות הקולוניאלית שהעניקה ייעוד לקבוצה זו על קבוצה אחרת או הקצתה זכויות אדמות וזכויות פוליטיות על ידי "שבט", החמירה את האוגדות הללו. המקרה המפורסם ביותר היה המדיניות הבלגית שגיבשה את החלוקה בין הוטוס לטוטס ברואנדה שהובילה לרצח העם הטרגי בשנת 1994.
מיד לאחר התירון, הסכימו המדינות האפריקניות החדשות למדיניות של גבולות בלתי ניתנים לביצוע, כלומר הם לא ינסו לצייר מחדש את המפה הפוליטית של אפריקה מכיוון שתביא לכאוס. מנהיגי מדינות אלה נותרו אפוא עם האתגר לנסות ליצור תחושה של זהות לאומית בתקופה שבה אלה המחפשים יתד במדינה החדשה שיחקו לעיתים קרובות לאזוריים או אתניים של אנשים נאמנויות.
מלחמה קרה
לבסוף, התריסון התרחש במקביל למלחמה הקרה שהציגה אתגר נוסף למדינות אפריקה. הדחיפה והמשיכה בין ארצות הברית לאיחוד הרפובליקות הסוציאליסטיות הסובייטיות (ברית המועצות) גרמה לחוסר התאמה אפשרות קשה, אם לא בלתי אפשרית, ואותם מנהיגים שניסו לחצוב בדרך שלישית מצאו בדרך כלל שהם נאלצים לקחת צדדים.
הפוליטיקה של המלחמה הקרה הציבה גם הזדמנות לסיעות שביקשו לאתגר את הממשלות החדשות. באנגולה התמיכה הבינלאומית שקיבלו הממשלה ופלגי המורדים במלחמה הקרה הובילה למלחמת אזרחים שנמשכה כמעט שלושים שנה.
אתגרים משולבים אלה הקשו על כינון כלכלות חזקות או יציבות פוליטית אפריקה ותרמה למהפך שרבים (אך לא כולם!) מדינות התמודדו איתו בסוף שנות ה -60 המאוחרות סוף שנות ה -90.