הכובשים הספרדים הגיעו לאיים של העיר הפיליפינים בשנת 1521. הם נקראו על שם המדינה המלך פיליפ השני ספרד בשנת 1543, ולחץ להתיישב מחדש את הארכיפלג למרות המפלים כמו מות 1521 פרדיננד מגלן, נהרג בקרב על ידי כוחותיו של לאפו-לאפו באי מקטאן.
בשנים 1565-1821 שלטה הוויקריות של ספרד החדשה בפיליפינים ממקסיקו סיטי. בשנת 1821 מקסיקו הפכה להיות עצמאית, וממשלת ספרד במדריד השתלטה ישירות על הפיליפינים.
במהלך התקופה שבין 1821 ל- 1900 השתרשה הלאומיות הפיליפינית והפכה למהפכה אנטי-אימפריאלית. כאשר ארצות הברית ניצחה את ספרד במדינת ישראל המלחמה האמריקאית ספרדית בשנת 1898, הפיליפינים לא זכו לעצמאותם אלא הפכו לחזקה אמריקאית. כתוצאה מכך, מלחמת הגרילה נגד האימפריאליזם הזר פשוט שינתה את יעד זעמו משלטון ספרד לשלטון אמריקני.
שלושה מנהיגים מרכזיים קיבלו השראה או הובילה של תנועת העצמאות הפיליפינית. השניים הראשונים - ז'וזה ריזאל ואנדרס בוניפציו - היו נותנים את חייהם הצעירים למען המטרה. השלישי, אמיליו אגונאלדו, לא רק שרד להיות הנשיא הראשון של הפיליפינים, אלא גם המשיך באמצע שנות ה -90 לחייו.
חוזה ריזל היה אדם מבריק ורב-כישרון. הוא היה רופא, סופר, ומייסד
בלה ליגה, קבוצת לחץ אנטי-קולוניאלית שלווה שנפגשה פעם אחת בלבד בשנת 1892 לפני שהשלטונות הספרדים עצרו את ריזל.ז'וזה ריזאל העניק השראה לעוקביו, כולל המורד הלוהט אנדרס בוניפציו, שהשתתף באותה ישיבה מקורית של לה ליגה והקים מחדש את הקבוצה לאחר מעצרו של ריזל. בוניפציו ושני מקורבים ניסו גם הם לחלץ את ריזל מספינה ספרדית בנמל מנילה בקיץ 1896. אולם בדצמבר, ריזאל בן ה -35 נשפט בבית משפט צבאי מזויף והוצא להורג על ידי כיתת יורים ספרדית.
אנדרס בוניפציו, ממשפחה ממעמד הבינוני הנמוך המדושל במנילה, הצטרף למשפחתו של ז'וזה ריזאל קבוצת לה ליגה השלווה אך גם האמינה שהספרדים צריכים להיות מונעים מהפיליפינים על ידי כוח. הוא הקים את קבוצת המורדים קטיפונאן, שהכריזה על עצמאות מספרד בשנת 1896 והקיף את מנילה בלוחמי גרילה.
בוניפציו סייע בארגון והמרץ את האופוזיציה לשלטון הספרדי. הוא הכריז על עצמו כנשיא הפיליפינים החדשים העצמאים, למרות שתביעתו לא הוכרה על ידי אף מדינה אחרת. למעשה, אפילו מורדים פיליפינים אחרים קראו תיגר על זכותו של בוניפציו לנשיאות, מכיוון שלמנהיג הצעיר לא היה תואר אוניברסיטאי.
שנה בלבד לאחר שהחלה תנועת קטיפונאן את מרדתה, אנדרס בוניפציו הוצא להורג בגיל 34 על ידי חבר מורד עמיליו אמיליו.
משפחתו של אמיליו אגונאלדו הייתה אמידה יחסית והחזיקה בכוח פוליטי בעיר Cavite, על חצי אי צר היוצא אל מפרץ מנילה. המצב המיוחס יחסית של אגינאלדו העניק לו את ההזדמנות לקבל השכלה טובה, בדיוק כמו שעשה חוזה ריזל.
אגינאלדו הצטרף לתנועת הקטיפונאן של אנדרס בוניפציו בשנת 1894 והפך לגנרל באזור הקאוויטי כשפרצה מלחמה גלויה בשנת 1896. הייתה לו הצלחה צבאית טובה יותר מבוניפציו והביט כלפי הנשיא שמונה לעצמו בגלל חוסר השכלתו.
מתח זה עלה בראש כאשר אגונאלדו הקפיץ בחירות והכריז על עצמו כנשיא במקום בוניפציו. בסוף אותה שנה, אגינאלדו היה אמור להורג את בוניפאציו להורג לאחר משפט זלזול.
אגינאלדו יצא לגלות בסוף 1897, לאחר שנכנע לספרדי, אך הוחזר לארץ ישראל הפיליפינים על ידי כוחות אמריקאים בשנת 1898 להצטרף למאבק שהדיח את ספרד לאחר כמעט ארבע מאות שנים. אגינאלדו הוכר כנשיא הראשון של הרפובליקה העצמאית של הפיליפינים אך היה נאלץ שוב להרים כמנהיג מורד פעם נוספת כשפרצה המלחמה הפיליפינית-אמריקאית 1901.