בסביבות השעה 17:30 בבוקר שאחרי יום חג המולד, 1996, מצאה פטסי רמסי פתק כופר על גרם המדרגות האחורי של המשפחה, בו דרשה 118,000 דולר עבור בתה, ג'ונבנט, בת השש, והזעיקה 911. בהמשך אותו יום גילה ג'ון רמסי את גופתו של ג'ון בנט בחדר פנוי במרתף. היא חנקה עם זר, ופיה היה כרוך בסרט צינור. ג'ון רמזי הסיר את סרט הצינור ונשא את גופתה למעלה.
החקירה המוקדמת
כבר מההתחלה התמקדה חקירת מותו של ג'ונ בנט רמזי בבני המשפחה. חוקרי בולדר, קולורדו נסעו לביתם של הרמייס באטלנטה לחפש רמז והגישו צו חיפוש בבית הקיץ שלהם במישיגן. המשטרה לקחה דגימות שיער ודם מבני משפחת רמזי. אנשי הרמייס אומרים לעיתונות "יש רוצח משוחרר", אך גורמים בבולדר מזעזעים את הסיכוי שרוצח מאיים על תושבי העיר.
הערת הכופר
החקירה בדבר רצח ג'ונבנט רמזי התמקדה בשלושת העמודים הערת כופר, שנכתב ככל הנראה על פנקס רשימות שנמצא בבית. דגימות בכתב-יד נלקחו מהרמייס, וג'ון רמזי נשלל ככותב השטר, אך המשטרה לא הצליחה לחסל את פאטסי רמזי כסופר. פרקליט המחוז אלכס האנטר אומר לתקשורת כי ההורים הם כמובן מוקד החקירה.
כוח משימה לתביעה מומחה
פרקליט מחוז האנטר מגבש כוח משימה לתביעה מומחית, כולל המומחה לזיהוי פלילי הנרי לי ומומחה ה- DNA בארי שק. במארס 1997 בלש הרצח בדימוס לו סמיט, שפתר את רצח כנסיית הת'ר בשחר באביב קולורדו, נשכר לעמוד בראש צוות החקירה. חקירתו של סמית תצביע בסופו של דבר על פולש כמבצע העבירה, אשר התנגש עם התיאוריה של ה- DA כי מישהו במשפחה היה אחראי למותו של ג'ונ בנט.
תיאוריות סותרות
מתחילת המקרה הייתה מחלוקת בין החוקרים ולמשרד התובע בדבר מוקד החקירה. באוגוסט 1997 מתפטר הבלש סטיב תומאס ואומר שלשכתו של ד"ר "נפגעת ביסודיות". בספטמבר לו סו הוא מתפטר ואומר שהוא "לא יכול להיות שבמצפון טוב להיות חלק מרדיפת אנשים חפים מפשע." של לורנס שילר ספר, "רצח מושלם, עיירה מושלמת", מתאר את הפיוד בין המשטרה לתובעים.
בורק רמזי
לאחר 15 חודשי חקירה, משטרת בולדר מחליטה שהדרך הטובה ביותר לפתור את הרצח היא חקירת חבר השופטים. במארס 1998, המשטרה מראיינת את ג'ון ופטסי רמזי בפעם השנייה ומקיימת ראיון נרחב עם בנם ברק בן ה -11, שדווח כי חשוד אפשרי על ידי חלק מהעיתונות. מהדלפה לתקשורת החדשות עולה כי ניתן היה לשמוע את קולו של בורק ברקע שיחת ה- 911 שפטי עשה, למרות שלדבריה הוא ישן עד לאחר שהגיעה המשטרה.
חבר השופטים הגדול
בספטמבר 16, 1998, חמישה חודשים לאחר שנבחרו, חברי המושבעים הגדולים במחוז בולדר החלו בחקירתם. הם שמעו עדויות משפטיות, ניתוח כתב יד, עדויות DNA וראיות שיער וסיבים תזונתיים. הם ביקרו בבית הסלע לשעבר של רמזי באוקטובר 1998. בדצמבר 1998 מושבעים חבר המושבעים הגדול במשך ארבעה חודשים, ואילו ניתן להשוות בין ראיות DNA של בני משפחה אחרים ברמזי, שלא היו חשודים, לזו שנמצאה במקום.
האנטר וסיטר התנגשות
בפברואר 1999 דרש פרקליט המחוז אלכס האנטר מהבלש לו סייט להחזיר ראיות שאסף בזמן שעבד בתיק, כולל צילומי זירת פשע. סמיט מסרב "גם אם אצטרך ללכת לכלא" מכיוון שהוא האמין כי הראיות יושמדו אם יוחזרו משום שהיא תומכת בתיאוריית הפולשים. האנטר הגיש צו הרחקה וקיבל צו מניעה מבית המשפט שדרש את הראיות. האנטר גם סירב לאפשר לסיט להעיד בפני חבר המושבעים הגדול.
סמיט מבקש צו בית משפט
הבלש לו סמיט הגיש בקשה לבקשת השופטת רוקסן ביילין לאפשר לו לפנות לחבר המושבעים הגדול. לא ברור אם השופט ביילין נתן את בקשתו, אולם ב- 11 במרץ 1999 העיד סיט בפני חבר המושבעים. מאוחר יותר באותו חודש חתם עורך הדין המחוזי אלכס האנטר על הסכם המאפשר לסיט לשמור את הראיות שאסף בפנקס התיק, אך אסר על סמיט "להעביר שיחות קודמות" עם תובעי רמזי ולא להפריע להמשך חקירה.
לא הוחזרו כתבי אישום
לאחר חקירת חבר המושבעים הגדול בן שנה, DS אלכס האנטר מודיע כי לא יוגשו אישומים ואף לא יוגש אישום בגין רצח ג'ונבנט רמזי. באותה עת, מספר דיווחים בתקשורת העלו כי עדותו של סיט היא שהניעה את חבר המושבעים הגדול שלא להחזיר כתב אישום.
החשדות נמשכים
למרות החלטת חבר המושבעים הגדול, בני משפחת רמזי המשיכו להישאר בחשד בתקשורת. הרמייס הכריזו בתוקף על חפותם כבר מההתחלה. ג'ון רמסי אמר שהוא חושב שמישהו במשפחה יכול להיות אחראי לרצח של ג'ונ בנט היה "מבחיל מעבר אמונה. "אבל ההכחשות הללו לא הפריעו לעיתונות להעלות השערות כי פטסי, בורק או ג'ון עצמו הם מעורב.
בורק לא חשוד
במאי 1999, בורק רמזי נחקר בסתר על ידי חבר המושבעים הגדול. למחרת אמרו לבסוף הרשויות כי בורק אינו חשוד, אלא רק עד. כאשר חבר המושבעים הגדול החל לפרוש את חקירתו, ג'ון ופטסי רמזי נאלצים לעבור מביתם באזור אטלנטה ולהימנע מהתקפת תשומת הלב התקשורתית.
רמייס נלחם בחזרה
במרץ 2002 הוציאו הרמייס את ספרם, "מות התמימות", על הקרב שנלחמו בכדי להשיב את חפותם. הרמייס הגישו סדרה של תביעות לשון הרע נגד כלי תקשורת, בהם הכוכב, הניו יורק פוסט, טיים וורנר, הגלוב ומוציא לאור הספר "חלום ילדה קטנה? סיפור של JonBenet Ramsey".
השופט הפדרלי מנקה את רמייס
במאי 2003 פטר שופט פדרלי באטלנטה את א תביעה אזרחית נגד ג'ון ופטסי רמזי ואמרו כי אין כל ראיות המראות שההורים הרגו את ג'ונ בנט והוכחות בשפע לפורץ הרג את הילד. השופט מתח ביקורת על המשטרה וה- FBI על כך שיצרו קמפיין תקשורתי שנועד לגרום למשפחה להראות אשמה.