זכוכית מוקדמת הוציאה את צבעה מזיהומים שהיו קיימים בעת היווצרות הזכוכית. לדוגמה, 'זכוכית בקבוק שחור' הייתה זכוכית חומה כהה או ירוקה, שהופקה לראשונה באנגליה של המאה ה -17. זכוכית זו הייתה כהה כתוצאה מהשפעות זיהומי הברזל בחול ששימשו לייצור הזכוכית גופרית מעשן הפחם הבוער ששימש להמסת הכוס.
בנוסף לזיהומים טבעיים, זכוכית צבעונית על ידי הכנסת מינרלים או מלחי מתכת מטוהרים (פיגמנטים) בכוונה. דוגמאות לכוסות צבעוניות פופולריות כוללות זכוכית אודם (שהומצאה בשנת 1679, באמצעות כלוריד זהב) וזכוכית אורניום (שהומצאה בשנות ה -30 של המאה ה -19, זכוכית הזוהרת בחושך, מיוצרת באמצעות תחמוצת אורניום).
ניתן ליישם אפקטים מיוחדים רבים על זכוכית כדי להשפיע על צבעו ועל מראהו הכללי. זכוכית ססגונית, המכונה לפעמים זכוכית איריס, נעשית על ידי הוספה תרכובות מתכתיות לזכוכית או על ידי ריסוס פני השטח עם כלוריד סטני או כלוריד עופרת ומחממים אותו מחדש באווירה מצמצמת. משקפיים עתיקות נראות ססגוניות מהשתקפות האור בשכבות רבות של בליה.
זכוכית דיקרואית היא אפקט מבהיר בו הזכוכית נראית בצבעים שונים, תלוי בזווית ממנה היא נראית. השפעה זו נגרמת על ידי החלת שכבות דקות מאוד של מתכות קולואידיות (למשל, זהב או כסף) על הזכוכית. השכבות הדקות מצופות בדרך כלל בזכוכית שקופה כדי להגן עליהן מפני שחיקה או חמצון.