פולשים זרים אלה, או אנטיגנים, כוללים כל חומר ואורגניזם המעורר תגובה חיסונית.
נוגדנים מזהים אנטיגנים ספציפיים על ידי זיהוי אזורים מסוימים על פני האנטיגין הידועים כגורמים נגדיים. ברגע שאותו זיהוי של הקובע האנטיגני הספציפי, הנוגדן יתחבר לקובע. האנטיגן מתויג כפולש ומתויג להשמדה על ידי תאי חיסון אחרים. נוגדנים מגנים מפני חומרים לפני תא זיהום.
תאי פלזמה יוצרים נוגדנים ספציפיים לאנטיגן מסוים. תאי פלזמה מייצרים את הנוגדנים החיוניים לענף מערכת החיסון המכונה מערכת החיסון ההומורלית. חסינות הומורלית מסתמכת על זרימת הנוגדנים בנוזלי הגוף ובסרום הדם לזיהוי אנטיגן ונגד.
כאשר מתגלה אנטיגן לא מוכר בגוף, זה יכול לארוך עד שבועיים עד שתאי פלזמה יוכלו לייצר מספיק נוגדנים כדי לנטרל את האנטיגן הספציפי. ברגע שהזיהום בשליטה, ייצור הנוגדנים פוחת ודגימה קטנה של נוגדנים נשארת במחזור. אם אנטיגן ספציפי זה אמור להופיע שוב, תגובת הנוגדנים תהיה מהירה וחזקה בהרבה.
שתי השרשראות הקלות זהות זו לזו ושתי השרשראות הכבדות זהות. בקצות השרשראות הכבדות והקלות, באזורים היוצרים את הזרועות של המבנה בצורת Y, נמצאים אזורים הידועים כאתרי מחייב אנטיגן.
האתר המחייב את האנטיגן הוא אזור הנוגדן שמזהה את הקובע האנטיגני הספציפי ונקשר לאנטיגן. מכיוון שנוגדנים שונים מזהים אנטיגנים שונים, אתרים הקשורים לאנטיגן שונים לנוגדנים שונים. אזור זה של המולקולה מכונה האזור המשתנה. גזע המולקולה בצורת Y נוצר על ידי האזור הארוך יותר של השרשראות הכבדות. אזור זה נקרא האזור הקבוע.
חמש מחלקות נוגדנים ראשוניות קיימות כאשר כל כיתה ממלאת תפקיד מובחן בתגובה החיסונית האנושית. שיעורים אלה מזוהים כ- IgG, IgM, IgA, IgD ו- IgE. מעמדות אימונוגלובולינים שונים במבנה השרשראות הכבדות בכל מולקולה.
ישנן גם כמה תת-סוגים של אימונוגלובולינים בבני אדם. ההבדלים בתתי המשנה מבוססים על וריאציות קטנות ביחידות השרשרת הכבדות של נוגדנים באותה מעמד. השרשראות הקלות שנמצאות באימונוגלובולינים קיימות בשתי צורות עיקריות. סוגי השרשרת הקלה הללו מזוהים כשרשראות קאפה ולמבדה.