כשמדובר בתיעוד המאובנים, ניו יורק משכה את קצה המקל: מדינת האימפריה עשירה בחסדי חוליות קטנים ובתים הימיים המתוארכים לראשית המוקדמות. עידן פליאוזוילפני מאות מיליוני שנים, אך מניבה ריק וירטואלי בכל הנוגע דינוזאורים ויונקים מגפאונה. (אתה יכול להאשים את חוסר היחס היחסי של ניו יורק במשקעים שהצטברו במהלך מזוזואיק ו קנוזואיק תקופות.) ובכל זאת, אין זה אומר שניו יורק נטולת כל החיים הפרהיסטוריים, עם כמה דוגמאות ראויות לציון שניתן למצוא בשקופיות הבאות. (לראות רשימת דינוזאורים ובעלי חיים פרהיסטוריים שהתגלו בכל מדינה בארה"ב.)
לפני קצת יותר מ -400 מיליון שנה, במהלך השנה סילוריאן באותה תקופה, חלק גדול מצפון אמריקה, כולל מדינת ניו יורק, היה שקוע מתחת למים. המאובן הרשמי של ניו יורק, יוריפטרוס, היה סוג של חסרי חוליות ימיים המכונה עקרב ימי, והיה אחד מהטורפים התת-מימיים החששים ביותר לפני ההתפתחות של כרישים פרהיסטוריים וענק זוחלים ימיים. כמה דגימות של יוריפטרוס גדלו עד כמעט ארבעה מטרים, והגמדו את הדגים הפרימיטיביים וחסרי החוליות עליהם טרפו.
זו לא עובדה ידועה, אלא שונות עקבות דינוזאור התגלו בסמוך לעיירה Blauvelt, במחוז רוקלנד של ניו יורק (לא רחוק מדי מניו יורק). מסלולים אלה מתוארכים עד סוף
טריאס התקופה, לפני כ -200 מיליון שנה, וכוללות עדויות מסקרנות לחבילות נודדות קלואליזה (דינוזאור הידוע בעיקר בשכיחותו בניו מקסיקו הרחוקה). בהמתנה לראיות חותכות לכך שטביעות הרגל הללו באמת הונחו על ידי Coelophysis, הפליאונטולוגים מעדיפים לייחס אותם ל"איכנוגנוס "בשם Grallator.בשנת 1866, במהלך בניית טחנה בניו יורק הצפונית, גילו עובדים שרידים כמעט שלמים של חמישה טון מסטודון אמריקאי. "Cohoes Mastodon", כפי שנודע, מעיד על כך שהענק הזה פילים פרהיסטוריים שוטטו במרחבים של ניו יורק בעדרים רועמים, עד לפני 50,000 שנה (ללא ספק לצד זמנם הקרוב של פליסטוקן תקופה, ממותה צמרירית).
כמו מדינות רבות אחרות במזרח ארה"ב, ניו יורק הייתה פוייה יחסית, מבחינה גיאולוגית, עד לתקופת הפליסטוקן המאוחרת - כאשר חצתה אותה כל מיני יונקים מגפאונה, החל מממותות ומסטודונים (ראו שקופיות קודמות) וכלה בז'אנרים אקזוטיים כמו ה- דוב ענק קצר פנים וה ביבר ענק. למרבה הצער, מרבית היונקים הגדולים-פלוס האלה נכחדו בסוף עידן הקרח האחרון, ונכנעו לשילוב של טורף אנושי ושינוי אקלים.