הקשר המוקדם ביותר בין שתי המדינות היה באמצעות סוחרים וחוקרים. בהמשך אמצע שנות ה- 1800 נסעו כמה נציגים מארה"ב ליפן במטרה לנהל משא ומתן על הסכמי סחר, כולל קומודור מתיו פרי בשנת 1852 שניהל משא ומתן על אמנת סחר ראשונה וה ועידת קנגאווה. באופן דומה, משלחת יפנית הגיעה לארה"ב בשנת 1860 בתקווה לחזק את היחסים הדיפלומטיים והסחריים בין שתי המדינות.
מלחמת העולם השנייה ראו את המדינות מגולעות זו בזו לאחר שהיפנים הפציצו את בסיס חיל הים האמריקני בפרל הארבור, הוואי, בשנת 1941. המלחמה הסתיימה בשנת 1945 לאחר שיפן ספגה סיבוכים אדירים מהארץ הפצצה אטומית של הירושימה ונגסאקי וה הפצצת אש של טוקיו.
ב- 14 באוגוסט 1945 נכנעה יפן והובילה לכיבוש על ידי כוחות בעלות הברית המנצחים. עם השגת השליטה ביפן, נשיא ארה"ב הארי טרומן מונה לגנרל דאגלס מקארתור כמפקד העליון של מעצמות בעלות הברית ביפן. כוחות בעלות הברית פעלו לשחזור יפן, ובנוסף לביסוס הלגיטימיות הפוליטית בכך שהם עמדו בפומבי בצד הקיסר הירוחיטו. זה מותר מקארתור לעבוד בתוך המערכת הפוליטית. בסוף שנת 1945 היו ביפן כ -350,000 אנשי שירות אמריקאים שעבדו על מגוון רחב של פרויקטים.
תחת שליטת בעלות הברית, יפן קיבלה שינוי מדהים המאופיין על ידי החוקה החדשה של יפן שהדגישה עקרונות דמוקרטיים, רפורמה חינוכית וכלכלית ופירוז שהוטמע בחוקה היפנית החדשה. בזמן שהרפורמות התרחשו, מקארת 'העביר בהדרגה את השליטה הפוליטית על היפנים שהגיעו לשיאם באמנה של סן פרנסיסקו משנת 1952, שסיימה את הכיבוש רשמית. מסגרת זו הייתה תחילתו של קשר הדוק בין שתי המדינות שנמשך עד היום.
התקופה שלאחר הסכם סן פרנסיסקו התאפיינה בשיתוף פעולה הדוק בין שניהם מדינות, עם 47,000 אנשי צבא אמריקניים שנותרו ביפן בהזמנת היפנים ממשלה. שיתוף הפעולה הכלכלי מילא גם תפקיד גדול במערכת היחסים עם ארה"ב המספקת ליפן סכומי סיוע משמעותיים בתקופות שלאחר המלחמה, כאשר יפן הפכה לבעלת ברית במדינה. מלחמה קרה. השותפות הביאה לחידוש הכלכלה היפנית שנשארה אחת הכלכלות החזקות באזור.