המרד המזוין נגד אסד אורגן לראשונה על ידי עריקי הצבא שבקיץ 2011 הקימו את הצבא הסורי החופשי. שורותיהם התנפחו במהרה באלפי מתנדבים, חלקם רוצים להגן על עריהם מפני אכזריות המשטר, אחרים מונעים גם על ידי התנגדות אידיאולוגית לדיקטטורה החילונית של אסד.
אף שהאופוזיציה הפוליטית בכללותה מייצגת חתך רוחב משטחה של סוריה חברה מגוונת מבחינה דתית, המרד המזוין מונע בעיקר על ידי הרוב הערבי הסוניבמיוחד באזורים מחוזיים בעלי הכנסה נמוכה. בסוריה ישנם גם אלפי לוחמים זרים, מוסלמים סונים ממדינות שונות שהגיעו להצטרף ליחידות מורדים אסלאמיסטיות שונות.
המרד עד כה לא הצליח לייצר תוכנית פוליטית כוללת המתווה את עתידה של סוריה. המורדים חולקים מטרה משותפת להפיל את משטרו של אסד, אך זה קשור. הרוב המכריע של האופוזיציה הפוליטית בסוריה אומר שהיא רוצה סוריה דמוקרטית, ומורדים רבים מסכימים באופן עקרוני כי יש להכריע באופיה של מערכת הפוסט-אסד בבחירות חופשיות.
אבל יש זרם חזק של איסלאמיסטים סונים קשוחים שרוצים להקים מדינה איסלאמית פונדמנטליסטית (לא דומה למדינה) תנועת הטליבאן באפגניסטן). איסלאמיסטים מתונים אחרים מוכנים לקבל פלורליזם פוליטי ומגוון דתי. בכל אופן, חילונים נחרצים הדוגלים בחלוקה קפדנית של דת ומדינה הם מיעוט בשורות המורדים, כאשר מרבית המיליציות תומכות בתמהיל של לאומיות סורית וסיסמאות אסלאמיסטיות.
היעדר מנהיגות מרכזית והיררכיה צבאית ברורה היא אחת מחולשות המפתח של תנועת המורדים, בעקבות כישלונה של הצבא הסורי החופשי להקים פיקוד צבאי רשמי. גם קבוצת האופוזיציה הפוליטית הגדולה ביותר בסוריה, הקואליציה הלאומית הסורית, אין מנוף על הקבוצות המזוינות, מה שמוסיף לחוסר היכולת של הסכסוך.
כמאה אלף מורדים מחולקים למאות מיליציות עצמאיות העשויות לתאם את הפעולות בשטח ברמה המקומית, אך שומרים על מבני ארגון מובחנים, עם יריבות אינטנסיבית לשליטה בשטח ו משאבים. מיליציות אינדיבידואליות מתגבשות אט אט לקואליציות צבאיות גדולות ומשוחררות - כמו החזית לשחרור אסלאמי או החזית האיסלאמית הסורית - אך התהליך איטי.
חלוקות אידיאולוגיות כמו אסלאמיסט נגד חילונים מטושטשים לעיתים קרובות, כאשר לוחמים נוהרים למפקדים שיכולים להציע את כלי הנשק הטובים ביותר, ללא קשר למסר הפוליטי שלהם. עדיין מוקדם לומר מי עשוי לנצח בסופו של דבר.
שר החוץ האמריקני ג'ון קרי אמר בספטמבר 2013 כי הקיצונים האיסלאמיסטיים מהווים רק 15 עד 25% מכוחות המורדים. מחקר שערך ג'יין ההגנה שפורסם במקביל העריך את מספר ה"ג'יהאדיסטים "הקשורים לאל-קאעידה ב -10,000, עם עוד 30-35,000 "אסלאמיסטים קשוחים", שאף שאינם מיושרים באופן רשמי עם אל-קאעידה, הם חולקים השקפה אידיאולוגית דומה.
ההבדל העיקרי בין שתי הקבוצות הוא שבעוד ש- "ג'יהאדיסטים"רואים במאבק נגד אסד כחלק מסכסוך רחב יותר עם השיעים (ובסופו של דבר המערב), אסלאמיסטים אחרים מתמקדים רק בסוריה.
כדי להפוך את העניינים למורכבים יותר, שתי יחידות המורדות הטוענות אל-קאעידה כרזה - חזית אל נוסרה והמדינה האסלאמית בעירק והלבנט - אינם בתנאים ידידותיים. בעוד סיעות המורדים המתונות יותר נכנסות לברית עם קבוצות הקשורות לאל-קאעידה באזורים מסוימים במדינה, באזורים אחרים יש מתח הולך וגובר ולחימה בפועל בין קבוצות יריבות.
כשמדובר במימון וכלי נשק, כל קבוצת מורדים עומדת בפני עצמה. קווי האספקה העיקריים פועלים מצד תומכי האופוזיציה הסוריים שבסיסם בטורקיה ולבנון. המיליציות המוצלחות יותר ששולטות בשטחי שטח גדולים יותר גובות "מיסים" מעסקים מקומיים כדי לממן את פעילותן, וסביר יותר לקבל תרומות פרטיות.
אולם הקבוצה האסלאמית הקשה יכולה גם היא ליפול לרשתות ג'יהאדיסטיות בינלאומיות, כולל אוהדים אמידים במדינות המפרץ הערבי. זה מציב נחיתות משמעותית של קבוצות חילוניות ואיסלאמיסטים מתונים.
האופוזיציה הסורית היא מגובה בסעודיה, קטאר וטורקיה, אך ארה"ב הניחה עד כה מכסה על משלוחי נשק למורדים בתוך סוריה, בין השאר מחשש שייפלו לידי קבוצות קיצוניות. אם ארה"ב תחליט להגדיל את מעורבותה בסכסוך היא תצטרך לבחור ידנית את המורד מפקדים עליו לסמוך, מה שללא ספק ילהיט את העימות בין המורדים היריבים יחידות.