הוא היה רנסנס ידוען, הידוע לא רק בזכות כישרונו האמנותי המעולה, אלא בקסמו האישי. חוקרים האמינו כי הייתה לו פילגש בשם מרגריטה לוטי, בתו של אופה סיני, מאוחדת בפומבי מאוד למריה ביביינה, אחייניתה של קרדינל רב עוצמה. נישואין לאישה בעלת מעמד חברתי נמוך כל כך, בקושי היה עוזר לקריירה שלו; הידע הציבורי הכללי על קשר כזה יכול היה לפגוע במוניטין שלו.
אולם מחקרים שנערכו לאחרונה על ידי היסטוריון האמנות האיטלקי מאוריציו ברנרדלי קורוז, מעלה כי ייתכן שרפאל סאנציו עקב אחר ליבו והתחתן בסתר עם מרגריטה לוטי.
רמזים המצביעים על נישואין
רמזים חשובים למערכת היחסים ניתן למצוא ב"פורנינה "ששוחזר לאחרונה, דיוקן של יופי מפתה שהחל בשנת 1516 והושאר על ידי רפאל לא גמור. הנבדק לבוש למחצה ומחייך ברמיזה, עונד סרט על זרועה השמאלית הנושא את שמו של רפאל. בפני הטורבן שלה מוצמדת פנינה - והמשמעות של "מרגריטה" היא "פנינה". צילומי רנטגן שצולמו במהלך השיקום חושפים ברקע שיחי חבושים ודס - סמלי פוריות ונאמנות. ועל ידה השמאלית טבעת, שקיומה נצבע, ככל הנראה על ידי תלמידיו של רפאל לאחר מותו של המאסטר.
כל הסמלים הללו היו בעלי משמעות יוצאת דופן עבור צופה הרנסאנס הממוצע. לכל מי שהבין את הסמליות, הדיוקן צועק למעשה "זו אשתי היפה מרגריטה ואני אוהב אותה."
בנוסף לדיוקן, קורוז חשף ראיות תיעודיות לכך שרפאל ומרגריטה נישאו בטקס סודי. קורוז גם מאמין שמרגריטה היא הנושא של "לה דונה ולאטה" (הגברת הרעלה), שאחד העכשווים שלה ציין היה ציור האישה שרפאל "אהב עד שהוא מת".
תיאורטי היה שרפאל כלל לא צייר את פורנרינה, וכי במקום זאת זו העבודה של אחד מתלמידיו. קורוז ומקורביו מאמינים כעת שתלמידיו של רפאל טשטשו במכוון את הסמליות הנישואית כדי להגן על המוניטין והמשיכו בעבודה שלהם בעצמם בסאלה די קונסטנטינו בוותיקן, שאובדן היה פשיטת רגל אותם. כדי לחזק את העמדת פנים העמידו תלמידיו של רפאל לוח על קברו לזכר ארוסתו, ביביינה.
ומרגריטה לוטי (סאנציו)? ארבעה חודשים אחרי של רפאל מוות, "האלמנה מרגריטה" נרשמת כשהיא מגיעה למנזר סנטאפולוניה ברומא.